Налоговая по закрытому ОП куда данные передала, в головную же? По телефону можно это уточнить у налоговой обособки когда и куда они контейнер отправили.
Процесс этот не быстрый. Сначала отправляет налоговая закрытого ОП, потом доооолго головная у себя это проводит. И если они у себя в программе правильно все подгрузят, к правильному ОКТМО, и вы правильно отразите это все им в последующих декларациях по закрытым ОП, то пазлы сойдутся и переплата вылезет по правильному ОКТМО закрытого ОП.
Вот тогда вы только можете писать письма на перезачет или возврат.