это всегда такой пипец. и в каждой наложке свой. иногда быстро все ложится и никаких проблем, однажды НДФЛ передавали полгода. причем названивали им каждую неделю, в обе наложки.
в новой ИФНС  так и лягут переданные остатки со своим старым ОКТМО.
Отчет по ндфл разбивается на два отчета. КПП один, ОКТМО разные

Да, в автоматическом режиме. заказываешь выписку по контуру тому же по всем налогам, и видишь все в разрезе ОКТМО.
по старой налоговой закрывается все, там уже ничего не видно. если долго не появляются остатки в новой, значит надо звонить в старую налоговую  и спрашивать когда, кто отправил. потом звонишь в новую налоговую и выясняешь что пришло, не пришло, если пришло, почему не загружено.
отдел точно не помню  как называется, но спец отдел у них там есть по передаче данных из одной налоговой в другую. и если тетенька из отдела в отпуске, то надо будет ждать пока она отгуляет, никто больше этим вопросом не занимается.
можно позвонить в любой отдел камеральный тот же, и объяснить ситуацию, они скажут куда дальше звонить.

по старому остатков никаких нет, поэтому не отображается. давно переходили?

по взносам у нас удачный переход получился от 26.04. мы за первый квартал и заплатили и отчитались в старую. второй квартал платежи и начисления в новую попали.
думаю, в вашем случае наложка должна платежи передать и они лягут на место,  в крайнем случае письмо напишите на перезачет сумм со старого октмо на новый.